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La biodiversité, parent pauvre de la recherche

logo de Liberation Liberation 30/04/2020 Olivier Monod
A gauche: Romarin, melisse, belladone, sauge, menthe. Planche botanique de H. Menier. A droite : Planche representant des plantes medicinales tiree de l'ouvrage La Femme, medecin du foyer realise vers 1900. A gauche: Romarin, melisse, belladone, sauge, menthe. Planche botanique de H. Menier. A droite : Planche representant des plantes medicinales tiree de l'ouvrage La Femme, medecin du foyer realise vers 1900.

Malgré les besoins de financements pour étudier les liens entre les écosystèmes et la santé humaine, la biodiversité souffre de l'austérité, car elle n'est pas perçue comme une priorité.

Chaque mois, Libération creuse une thématique environnementale. Après la chasse et le ski, troisième épisode, pourquoi préserver la biodiversité, c’est préserver notre santé.

Le financement de la recherche sur la biodiversité n’est pas à la hauteur. Il est ni à la hauteur de l’importance du sujet, ni à la hauteur de ce qu’il nous reste à découvrir.

Un exemple éclairant parmi d’autres. Il a été difficile d’ouvrir un poste d’enseignant-chercheur au Muséum national d’histoire naturelle de Paris (MNHN) sur… les abeilles, sujets d’actualité s’il en est. «Cela fait trois ans que nous attendions d’ouvrir un poste au concours pour étudier et rendre disponibles les collections d’hyménoptères du Muséum, une des plus belles au monde sur le sujet. Mais il n’y a pas assez de ressources dans le système de recherche en général, donc la biodiversité, comme les autres disciplines, est en tension», explique Philippe Grandcolas, directeur de recherche au CNRS.

Une recherche mal financée depuis vingt ans

En effet, la France n’est pas montée dans le train d’un XXIe siècle de la connaissance. En 2000, l’Europe s’est fixé comme objectif d’investir 3 % de son PIB sur la recherche. Résultat la France est passée de 2,05 % en 2005 à 2,2 % en 2018. Un effort principalement porté par les entreprises puisque la part de la recherche publique a même diminué sur la période passant de 0,78 % à 0,76 %.

Et la biodiversité a probablement plus souffert de l’austérité générale que d’autres champs car elle n’est pas considérée comme prioritaire voire pas considérée tout court. «Cette recherche commence à la Renaissance. A l’époque, on cherche des épices, du bois, de la soie, du café, bref des ressources naturelles exploitables. C’est un peu le "big pharma" d’aujourd’hui : une science de pouvoir et de ressources économiques. Arrivé au début du XXe siècle, nous avons établi un petit socle de connaissance, modeste par rapport à ce qu’il y a à découvrir, et d’autres domaines nouveaux prennent le dessus comme la génétique, la microbiologie, la biologie cellulaire», explique Philippe Grandcolas.

La recherche sur la biodiversité est trop souvent vue à tort comme poussiéreuse. Darwin avec ses îles et son grimoire est remplacé par Pasteur et sa blouse blanche. «Quand on demande de l’argent pour aller étudier des chauves-souris en Thaïlande, les gens ont l’impression qu’il y a des questions plus importantes. C’est perçu a priori comme un sujet marginal», souligne Philippe Grandcolas.

Une base de données à développer

Rien n’est plus faux. D’une part, les 80 % de la biodiversité que l’on ne connaît pas regorge probablement de molécules nouvelles et potentiellement commercialisables. Et puis, la crise du Covid-19 démontre l’importance que peut avoir une espèce de chauve-souris négligée.

D’autre part, les collections des muséums d’histoire naturelle sont des outils à la pointe de la technologie : ce sont d’immenses bases de données à exploiter. «Il existe des projets à la pointe de la technologie dans le secteur, s’enthousiasme Philippe Grandcolas. On peut étudier la présence des isotopes de tel ou tel élément dans des plantes d’herbier pour en déduire la composition atmosphérique à certaines époques. De même, l’étude de la présence de métaux lourds dans des plumes d’oiseaux donne des indications sur leurs conditions de vie.» La biodiversité, c’est la base de données des sciences, il serait dommage de ne pas investir dedans à l’heure du tout numérique.

A gauche : Grande civette de l'Inde . Illustration 1855 par Jean Charles Werner.  A droite : Chauve-souris, l'Oreillard et la Noctule. Illustration de 1828 de Antoine-Charles Vauthier A gauche : Grande civette de l'Inde . Illustration 1855 par Jean Charles Werner. A droite : Chauve-souris, l'Oreillard et la Noctule. Illustration de 1828 de Antoine-Charles Vauthier

A gauche : Grande civette de l’Inde. Illustration de 1855 par Jean Charles Werner.

A droite : Chauve-souris, l’Oreillard et la Noctule. Illustration de 1828 de Antoine-Charles Vauthier Photos Collection Kharbine Tapabor.

Ecologie contre microbiologie

Ce plaidoyer semble peine perdue tant l’écologie scientifique n’a cessé de perdre de son influence. Si les moyens sont bien contraints pour tout le monde, les écoles de pensées ne sont pas toutes logées à la même enseigne de l’avis de Jean-François Guégan, directeur de recherche à Inrae et à l’IRD. «Certaines disciplines vivent dans le cocon confortable qu’entretient une forme de monodisciplinarité et ne se posent pas de questions transversales ; elles ne sont ainsi pas ou peu exposées aux autres disciplines», dit-il. Sans vouloir «promulguer partout la transdisciplinarité car on a besoin des spécialités», il considère qu’«en France, nous n’avons pas suffisamment misé sur les compétences transversales, des compétences qui sont nécessaires à un moment donné de l’évolution des connaissances».

Pourtant, dans son secteur, la biodiversité a plutôt le vent en poupe. Il est spécialisé en écologie et évolution des maladies infectieuses et parasitaires. Il s’intéresse à l’émergence de bactéries environnementales qui sont à l’origine d’infections qui ont donné la tuberculose humaine ou encore la lèpre, par exemple. «Il y a dans ce secteur une hégémonie de la biologie cellulaire et de la microbiologie, et on le comprend car c’est important pour comprendre les mécanismes proximaux, comme la pénétration dans les cellules hôtes, et développer des vaccins. Les projets sont donc très souvent portés par la technologie. On séquence des génomes, identifie des marqueurs responsables de virulence ou des gènes porteurs d’une information importante», détaille-t-il.

S’il est important de connaître le fonctionnement des bactéries ou des virus qui vivent dans le corps humain (le microbiote, lire notre décryptage), leurs gènes et leurs métabolismes, il ne faut pas s’arrêter là. L’étude de la biodiversité n’est pas seulement la description de chaque espèce, c’est aussi l’étude des interactions entre les différents organismes entre eux. L’empilement des connaissances concernant les gènes et leurs fonctions ne résoudra pas toutes les questions qui se posent à des échelles supérieures.

«Ce que nous apprend l’écologie des communautés très inspirée par la théorie des systèmes c’est qu’à chaque niveau d’échelles (du gène à l’écosystème global) interviennent des déterminants explicatifs différents et qui ne sont pas nécessairement vrais à des échelles supérieures ou inférieures. Ainsi, si des explications d’ordre moléculaire interviennent à des niveaux fins, ces mêmes explications ne sont pas obligatoirement vraies à des échelles supérieures», explique Jean-François Guégan.

Si l’on prend l’exemple du récent Sars-CoV-2, la question de sa sensibilité à la météorologie ne trouve pas sa réponse obligatoirement à l’échelle moléculaire du moins tant qu’on n’a pas démontré une explication d’ordre mécanistique.

Mais à plus grande échelle, les systèmes sont dits non-linéaires, les phénomènes s’enchaînent en cascade. C’est l’exemple iconique du battement d’ailes d’un papillon qui conduit à une modification du climat à l’autre extrémité de la planète. L’approche expérimentale est plus difficile à mettre en place, contrairement aux approches petites échelles comme en biologie cellulaire par exemple où la démonstration de la preuve scientifique repose sur l’expérimentation. «Ces deux domaines de compréhension pour interpréter les transmissions infectieuses doivent coexister, mais elles sont différemment financées en France. L’approche biologique est actuellement beaucoup mieux dotée au détriment de la connaissance écologique, très proche par ailleurs de l’épidémiologie mais aussi de certains domaines de la physique, qui elle souffre très sérieusement», explique le chercheur.

Lui-même a reçu ses derniers financements importants de la National Science Foundation américaine plutôt que de l’ANR française. Dans le domaine de l’écologie et de l’évolution des maladies infectieuses mais aussi de leur modélisation, les grandes équipes internationales sont plutôt anglo-saxonnes. «Toute une communauté de chercheurs rattachée au Département de Zoologie de l’Université d’Oxford, et de l’Imperial College de Londres (école de pensée de Robert May et de Roy Anderson) a disséminé aujourd’hui un peu partout. Ce sont les chercheurs issus de cette école qui dominent le secteur actuellement.»

Les maladies émergentes

Comme souvent, pour la recherche le salut viendra des problématiques de santé et de la peur des nouvelles maladies (de la vache folle au Covid-19). En 2013, l’Institut-Pasteur a lancé un projet dont l’objectif est «de mieux comprendre l’impact environnemental des activités économiques humaines et leur lien possible avec l’émergence de maladies infectieuses en Asie du Sud-Est».

Plus récemment, l’OMS puis l’Europe ont lancé leur projet «One health». Au sens large, l’idée est de dire qu’il y a un lien entre la santé des écosystèmes, des sols, des animaux, et des humains.

En pratique, le focus est principalement mis sur la chaîne de production alimentaire et les dangers qu’elle occasionne pour la santé. Après tout, «70 % des maladies infectieuses humaines proviennent d’animaux», souligne Gilles Salvat, directeur général délégué en charge du pôle recherche et référence de l’Anses qui coordonne le Programme conjoint européen EJP One Health.

Mais il s'occupe aussi de la question des maladies émergentes. «Il n’existe pas un chercheur au monde capable d’adresser tous les sujets liés à ces problématiques. Il faut donc faire travailler ensemble, par exemple, des infectiologues et des écologues. Mais ce n’est pas évident, car ils n’ont pas les mêmes questions et n’utilisent pas les mêmes outils pour y répondre. On sait que toutes les grandes questions se situent à l’interface des disciplines. Mais la recherche est encore trop organisée en silo, des institutions aux publications scientifiques», note Gilles Salvat. L'étude de la biodiversité, comme toutes les sciences pluridisciplinaires a donc du mal à se faire une place au soleil.

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