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Les découvertes de la prix Nobel de chimie Emmanuelle Charpentier sont-elles interdites en France ?

logo de Liberation Liberation il y a 6 jours Pauline Moullot
La microbiologiste française Emmanuelle Charpentier, lauréate du prix Nobel de chimie, le 7 octobre à Berlin. © Markus Schreiber La microbiologiste française Emmanuelle Charpentier, lauréate du prix Nobel de chimie, le 7 octobre à Berlin.

En recherche fondamentale, l'utilisation du CrispR-Cas9 est courante en France. Mais des limitations européennes existent quant à l'usage qui pourrait être fait dans le monde de l'agriculture.

Question posée par Frédéric le 12/10/2020

Bonjour,

L’attribution du prix Nobel de chimie à l’Américaine Jennifer Doudna et à la Française Emmanuelle Charpentier a créé quelques remous, certains s’interrogeant sur l’application de ses découvertes en France. Vous nous interrogez ainsi sur un tweet de la journaliste du Point Géraldine Woessner, qui affirme dans un premier temps que les inventions de la nobéliste sont interdites en France.

Un tweet qui a fait réagir le généticien Axel Kahn, qualifiant cette affirmation de fake news.

Notons que, à la suite de leur conversation, les deux camps sont (presque) tombés d’accord.

De quoi parlent-ils exactement ? Pour rappel, les deux Nobel ont mis au point le CrispR-Cas9, des «ciseaux moléculaires» qui permettent de changer une séquence ADN. Cette technologie peut avoir de multiples champs d’application, en médecine comme dans le monde agricole.

Celle-ci est utilisée dans les laboratoires de recherche du monde entier, privés comme publics, confirment plusieurs chercheurs à CheckNews. «C’est une nouvelle façon de faire des thérapies géniques ; actuellement des essais cliniques sont en cours pour traiter des maladies du sang, comme la bêta-thalassémie ou la drépanocytose, mais aussi pour traiter certains cancers», indique à CheckNews la chercheuse au CNRS en biologie moléculaire Carine Giovannangeli. «En recherche, CrispR-Cas est utilisé par beaucoup de laboratoires, c’est un outil qui est devenu incontournable ou presque», abonde Jean-Christophe Pagès, président du Haut Conseil des biotechnologies (HCB).

Mutagenèses et transgenèses

La polémique porte en fait principalement sur l’usage agricole du CrispR-Cas9. Pour comprendre sur quoi porte précisément le débat, il faut d’abord distinguer plusieurs types de modifications génétiques. Premièrement, les plantes, comme tout organisme vivant, accumulent des mutations spontanées (naturelles) source de diversité génétique. Celles-ci, en modifiant des gènes de la plante, peuvent apporter de nouveaux caractères (couleur du fruit, taille de l’épi, résistance à un virus, etc.). Ces nouveaux caractères ont été sélectionnés depuis des milliers d’années, d’abord par les fermiers (dès le néolithique) puis par les sélectionneurs, pour créer de nouvelles variétés. Il s’agit de mutagenèses spontanées.

Plus récemment, depuis les années 50, de nouvelles variétés ont été obtenues par ce qu’on appelle mutagenèses induites (mutagenèse par rayonnements ou chimiques). L’objectif est d’augmenter le nombre de mutations dans la plante et d’augmenter ainsi les chances de trouver un caractère d’intérêt. Prenons l’exemple d’un plant de tomates. «Une tomate a naturellement entre dix et quinze mutations spontanées par rapport à la plante mère qui la porte, explique à CheckNews Fabien Nogué, chercheur à l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (Inrae). Si on applique la mutagenèse induite à ce plant de tomate on va pouvoir multiplier par 200 à 300 le nombre de mutations dans les tomates portées par ce plant et ainsi augmenter les chances de trouver des caractéristiques intéressantes chez les descendants de ces tomates (tomates plus grosses ou plus résistantes à un virus par exemple)». C’est ainsi qu’ont été obtenues la variété de tomate Kagyoku par exemple qui résiste à la fusariose racinaire ou la pomme Lysgolden. Au total, indique le chercheur, il existe plus de 3 000 variétés de plantes obtenues par mutagenèse induite.

A l’heure actuelle les sélectionneurs utilisent donc deux sources de mutations pour créer de nouvelles variétés, les mutations spontanées (ou «naturelles») et les mutations induites. Toutes ces mutations sont la base de la diversité génétique au sein des plantes cultivées.  

Récemment, un autre type de mutagenèse, la mutagenèse ciblée est apparue. C’est celle que permet le CrispR-Cas9 développé par Jennifer Doudna et Emmanuelle Charpentier. L’objectif est le même qu’avec la mutagenèse induite : accroître la diversité génétique chez les plantes cultivées. Par contre, au contraire de la mutagenèse induite, totalement aléatoire, la mutagenèse ciblée permet de modifier directement le gène d’intérêt sans risquer de modifier en même temps de nombreux autres gènes. «Par exemple, raconte Fabien Nogué, si on souhaite apporter à une plante la résistance à un virus et que l’on soupçonne un gène en particulier, CrispR permet de modifier directement ce gène», et donc de gagner un temps précieux en évitant d’attendre que cette même mutation arrive de manière spontanée.

Ces deux méthodes sont à distinguer de la transgenèse. Dans le grand public, ce que l’on appelle communément OGM sont en fait des organismes transgéniques, et non simplement génétiquement modifiés. Cela signifie que l’on n’a pas modifié un gène, comme avec la mutagenèse, mais introduit un nouveau gène de la même espèce ou même d’une autre espèce.

Un OGM pour la Cour de justice européenne

Pour résumer le débat sur l’utilisation possible ou non de CrispR-Cas9 en France et dans le reste de l’Europe, la question serait : est-ce que les végétaux modifiés par CrispR-Cas9 sont considérés comme des OGM, dont la commercialisation est très limitée par l’UE ? Légalement, le débat a pour l’instant été tranché. Saisi par neuf associations et syndicats en mars 2015, le Conseil d’Etat a demandé à la Cour de justice européenne de préciser si les «organismes obtenus par mutagenèse constituent-ils des organismes génétiquement modifiés au sens de l’article 2 de la directive 2001/18/CE du 12 mars 2001» sur les OGM. Pour la CJUE, la réponse est oui. La seule exception possible pour les techniques de mutagenèse sont les techniques dites «anciennes» obtenues par irradiation ou chimiques, et dont l’utilisation est considérée comme sûre.

«De nombreuses variétés ont été obtenues ainsi depuis les années 50», pointe Fabien Nogué. Les plantes obtenues par CrispR-Cas9 n’entrant pas dans cette catégorie de variétés mutagénéisées depuis des années, elles ne peuvent donc pas bénéficier d’exception et sont de facto considérées comme des organismes génétiquement modifiés. Selon la directive européenne sur le sujet, «pour qu’un OGM soit cultivé ou commercialisé en Europe, il doit faire au préalable l’objet d’une procédure d’autorisation spécifique, demandée par le pétitionnaire, basée sur une évaluation des risques pour la santé et l’environnement, et accompagnée d’un plan de surveillance. L’autorisation est délivrée pour une durée de dix ans (renouvelable)», rappelle le ministère de l’Environnement.

Dans le cas du CrispR-Cas9, cela signifie que les variétés obtenues de cette manière ne peuvent être commercialisées ou cultivées qu’après demande d’autorisation. «Aujourd’hui, les semenciers ou toute personne qui voudraient développer une variété sont obligés de déposer un dossier final au format de cette directive, et il sera examiné par l’agence européenne de sécurité des aliments (Efsa) et les Etats membres, procédure qui prend du temps et a un coût important», relève le président du HCB Jean-Christophe Pagès.

Surtout, cela pose un problème supplémentaire : quid de la réglementation de ces variétés obtenues par mutagenèses ciblées ? Les chercheurs contactés confirment à CheckNews qu’il est quasi impossible de détecter une variété obtenue par mutagenèse. «Dans ce qu’on a l’habitude d’appeler un OGM, on a modifié l’ADN en ajoutant quelque chose – par exemple un gène transféré d’une espèce à une autre – donc on change l’ADN et on peut en voir la trace de cette modification. Avec CrispR-Cas9, on modifie aussi l’ADN mais c’est possible sans laisser de trace», résume Carine Giovannangeli. «Contrairement à un produit transgénique, où l’on voit qu’un gène a été ajouté, les mutations produites par CrispR-Cas9 auraient pu arriver naturellement», confirme Fabien Nogué. En étudiant la plante, impossible donc de savoir si la mutation a été obtenue par mutagenèse, mutagenèse ciblée ou si c’est une mutation spontanée. «La mise en application de la décision de la CJUE va donc être complexe», relève le scientifique.

«Si la décision de la CJUE est fondée juridiquement, elle interroge scientifiquement comme nous avons pu le voir dans les réactions», indique Jean-Christophe Pagès. Pour Fabien Nogué, cette décision est même «un frein pour la création de nouvelles variétés. C’est stérilisant, la création d’une variété qu’on ne peut pas ou très difficilement mettre sur le marché, n’a pas de sens». Pour autant, utiliser CrispR-Cas9 n’est pas interdit. «On ne peut pas dire qu’une limitation équivaut à une interdiction de cette invention», insiste le généticien Axel Kahn, par ailleurs président du comité d’éthique de l’Inrae.

Utilisation en recherche fondamentale

Car de nombreuses recherches sont menées dans les laboratoires privés et publics. «Pour la recherche fondamentale, cela ne change rien. On utilise CrispR pour mieux comprendre comment fonctionne un gène mais pas pour obtenir une nouvelle variété», souligne ainsi Fabien Nogué de l’Inrae.

Notons, par ailleurs, que la France n’est pas une exception, puisque la directive sur les OGM est européenne. La situation est donc exactement la même en Allemagne, où Emmanuelle Charpentier mène ses recherches. En juin de cette année, les Verts allemands ont toutefois pris une position à contre-courant des autres écologistes européens, en appelant à adopter une approche «moderne» de la réglementation du génie génétique, voyant des opportunités pour la transition écologique.

Et les choses pourraient évoluer : la Commission européenne a sollicité l’avis de l’Efsa sur ces nouveaux organismes. «L’Efsa examine si la méthodologie actuellement utilisée pour l’évaluation des risques des plantes génétiquement modifiées doit être mise à jour compte tenu des récents développements dans le domaine de l’édition du génome», fait savoir l’agence à CheckNews. Celle-ci doit rendre son avis au printemps.

En résumé, si l’utilisation de CrispR-Cas9 est autorisée en France, que ce soit pour la recherche en thérapie génique ou sur les végétaux, il est vrai que la commercialisation de plantes obtenues grâce à cette invention est limitée par la réglementation européenne. Si certains pays tiers comme les Etats-Unis, le Brésil, l’Australie ou encore l’Argentine n’ont pas mis en place de restriction similaire et commencent à mettre sur le marché des plantes obtenues par mutagenèse ciblée (CrispR), aucune demande d’importation en Europe n’a pour l’instant été formulée selon Fabien Nogué, par ailleurs expert pour l’Efsa. 

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