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Variant anglais du Covid-19: la France séquence-t-elle suffisamment par rapport aux autres pays?

logo de BFMTVBFMTV 13/01/2021

Face aux différentes mutations du Covid-19, l'une des réponses les plus efficaces est de séquençer les prélèvements des personnes positives. Une démarche très peu effectuée en France pour le moment.

Infographie sur le séquençage dans le monde © BFMTV Infographie sur le séquençage dans le monde

Pour repérer le fameux variant anglais - une mutation probablement plus contagieuse du Covid-19 qui inquiète particulièrement les autorités - il est essentiel de séquençer le génome du virus des personnes contaminées.

Le séquençage désigne le processus qui consiste à détailler et déterminer la composition d'un génome comme nous l'expliquions dans cet article. Dans L'Express, le directeur de recherche au CNRS Samuel Alizon explique que le séquençage permet de "potentiellement savoir où une souche particulière se propage, d'estimer la date de son apparition, mais aussi de déterminer les durées de contagiosité, d'avoir une idée du nombre de personnes porteuses ou encore d'identifier les évènements de superpropagation".

Interrogé sur BFMTV, le directeur de recherche au sein de l'Institut Pasteur de Lille Philippe Froguel assurait le 7 janvier que la France était très en retard en termes de séquençage :

"Le séquençage du génome du virus des personnes positives est très faible en France, ce qui fait qu'on court derrière les nouvelles souches. (...) Si on ne fait que des tests PCR, on ne trouve que les variants des autres et on a toujours un retard. Il faut savoir s'il n'y a pas un variant breton, tourangeaux ou lillois qui apparaisse afin qu'on soit prêt à y faire face. C'est ça l'enjeu du séquençage."

Selon le professeur, le Royaume-Uni séquençerait ainsi "20 fois plus" que notre pays. Qu'en est-il? Selon les données fournies par la plateforme scientifique Gisaid, la réalité est encore plus inquiétante que le constat avancé par Philippe Froguel. Au 13 janvier, le Royaume-Uni a ainsi partagé 50 fois plus de séquences que la France: 137.884 contre 2736.

En France, 0,1% des tests séquencés

Même si la France n'est pas le pire pays au monde en termes de séquençage, il n'empêche que le pourcentage de prélèvements sequencés reste extrêmement faible, comme le montre l'infographie ci-dessous, qui n'affiche que les pays où plus de 200.000 cas de Covid-19 ont été détectés.

En Australie, un test sur deux est séquencé

L'écart est encore plus impressionnant avec les pays où le virus circule moins. Ainsi, en Australie, pays régulièrement érigé en modèle pour sa gestion de l'épidémie, presque un cas sur deux a été séquencé. En Nouvelle-Zélande, c'est plus d'un sur trois. Les deux pays d'Océanie font cependant figure d'exception. En Europe, les deux pays qui séquencent le plus sont le Danemark et l'Islande (environ un cas sur 10).

Le tableau ci-dessous rassemble le taux de séquençage et le nombre de cas détectés depuis le début de la pandémie dans chaque pays. Vous pouvez faire défiler la liste ou écrire le nom du pays qui vous intéresse dans la barre de recherche.

Davantage de séquençage "grâce" au variant anglais?

Le nombre de séquences partagées par la France devrait cependant augmenter dans les prochains jours "grâce" à l'enquête sur le variant anglais. Tous les prélèvements positifs des jeudi 7 et 8 janvier ont en effet été réanalysés en utilisant une technique de PCR particulière. Contrairement à d'autres PCR, cette analyse réagit différemment si on est en présence du variant.

Après ce premier filtre, les prélèvements suspects ont été soumis à un séquençage génétique qui détermine catégoriquement s'il s'agit ou non du variant. "C'est une opération qui sera renouvelée très régulièrement, tous les 7 à 10 jours environ", a déclaré le ministre de la Santé Olivier Véran, selon qui "c'est très intéressant, très utile", car "ça permet de surveiller s'il y a une croissance de ce variant".

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